Il paese di Gianico si trova nel tratto inferiore della Valle Camonica, alla base del versante sinistro nella zona di coalescenza tra i conoidi alluvionali del torrente Re e della Val Vedetta.
Il territorio comunale si estende sia nella zona di fondovalle, dove comprende oltre al settore dei conoidi alluvionali anche un settore dalla piana del fiume Oglio, sia soprattutto su versante sinistro della Valle, dove comprende il bacino idrografico della Val Vedetta, il settore di sinistra del bacino del torrente Re di Gianico e una parte della testata della valle del torrente Resio.
Il territorio comunale ha una superficie di 13,26 kmq e confina ad est con il comune di Rogno (Prov. BG), secondo un tratto del fiume Oglio, a nord con il comune di Darfo Boario Terme, secondo il fondovalle del torrente Re, a nord-est con il Comune di Esine lungo un tratto del torrente Resio e lungo il crinale del monte Rosello, a sud-est con il Comune di Bovegno, Val Trompia, secondo la linea di cresta monte Rosello – Cima Torricella – Corno Mura – Stanga di Bassinale, ed a sud con il Comune di Artogne.
Il paese in posizione esposta alle minacce dell’imprevedibile torrente Re di Gianico e dell’instabile Val Vedetta, ha subìto devastanti episodi di alluvioni e inondazioni, che hanno in qualche modo segnato l’identità collettiva degli abitanti.